Tak jak w każdym innym rodzaju działalności gospodarczej w przypadku prowadzenia firmy fonograficznej nietrudno jest napotkać na swojej drodze problemy. Poza klasycznymi problemami biznesowymi takimi jak brak możliwości zachowania płynności finansowej czy zła struktura kosztów dochodzą jeszcze problemy charakterystyczne dla tej branży. Przede wszystkim są to gusta potencjalnych odbiorców. Jeśli firma fonograficzna zainwestuje duże środki na przykład na nagranie i promocję płyty, która później nie sprzeda się w odpowiednio wysokim nakładzie może to skończyć się bardzo poważnymi problemami. W związku z tym wiele małych firm ma permanentne kłopoty z utrzymaniem płynności finansowej na odpowiednim poziomie. Drugim najpoważniejszym problemem jest niewątpliwie piractwo fonograficzne. Straty wynikające z tego tytułu są bardzo trudne do przecenienia i już od lat są bardzo wysokie. Firmy fonograficzne starają się z tym walczyć ale wygląda na to, że jest to przysłowiowa walka z wiatrakami.
